У Ковиљу се налазе, поред манастирске још четири цркве.
У Горњем Ковиљу, у главној улици, налази се класистичка црква Вазнесења, која је почела да се зида 1827. године, а завршена је 1829. године (Слика 12). Црква поседује поред раскошног иконостаса, који је радио монах светоархангелског манастира, Рафаило Момчиловић, велики број престоних и целивајућих икона са краја XVIII века. У порти цркве налази се бунар, који је узидан у ограду цркве, а зидан је још 1827. године.
Друга православна црква се налази такође у главној улици, али припада Доњем Ковиљу. Изграђена је 1846. године у част и славу апостолу Томи. Иконостас је радио Крел 1934-6. године. Црква поред целивајућих и престоних икона, поседује путир од позлаћеног сребра са записом из 1735. године са урезаном сигнатуром на постољу, који као такав има својство споменика културе.
Мањег значаја, што се тиче броја верника, су католичка и адвентистичка црква. Католичка црква се налази у непосредној близини центра Ковиља, али није посебно уочљива, јер се налази у обичној стамбеној кући, у чијем дворишту се налази дрвени звоник. Адвентистичка црква је у Горњем Ковиљу и новијег је датума. Сам објекат је архитектонски добро решен, тако да је веома уочљива .
