По предању, манастир је основао Свети Сава око 1220. године, када је на месту где се данас налази манастир, помирио угарског краља Андрију са својим братом Стефаном Првовенчаним. О томе говори Доментијан у свом житију о Св.Сави. Предање каже да се Андрија II, краљ мађарски, чувши да је Свети Сава крунисао Стевана за владара српског, нашао увређеним, те објавио рат Стевану Првовенчаном. Са силном војском пошао је на Србе и утаборио се код Ковиља. За време дипломатских преговора у краљевом шатору је била сама краљица са својим младим сином, наследником престола. Пошто су се преговори били одужили, напрасно се разболео млади мађарски краљевић. Свети Сава, помолио се Богу и пао је град, те су лекари њиме излечили краљевића. После закључења мира настала је велика радост и међусобно мађарско-српско братимљење. Да би се новом мађарско-српском савезу дала свечана потврда, закључили су Свети Сава и Андрија II, да се сагради храм божији на месту где је био мир закључен (Ђорђевић, 1891).
Другу верзију о оснивању манастира Ковиља забележио је Евлија Челебија, познати турски путописац XVIII века, који каже да је манастир основао ''српски краљ власник Београда'', што одговара опису краља Драгутина. У литератури се јавља и претпоставка да је манастир настао на развалинама некадашњег фрањевачког самостана, основаног 1421. године, као и неколико других верзија од којих ниједна није историјски потврђена.
Први поуздани подаци потичу из 1651. године, када је живописана стара манастирска црква. У периоду од 1686.-1697. године, Турци су у четири наврата рушили манастир, а 1707. је обновљен.Изградња нове цркве је трајала од 1741. до 1749. године. Градитељи цркве су били Теодор Коста и Никола Крапић из Ланге (код Солуна).Током Мађарске буне 1848-49. године пожар је захватио манастир, оштетио унутрашњост нове цркве и скоро потпуно уништио стару цркву, која је годину дана касније срушена.
После буне, са свих страна стизала је помоћ у новцу и даровима за обнову цркве и конака. Од тада нова црква представља један од најмонументалнијих културно-историјских објеката у Бачкој.
Садашња манастирска црква грађена је у српско-византијском стилу моравске школе по узору на Манасију и Раваницу. Црква је била замишљена као тробродна базилика. Сва три брода су сасвим једнака и нема разлике између главног брода и осталих бродова. Грађевина се ослања на дванаест стубова, од којих шест стубова стоје сасвим слободно. Од ових шест стубова четири стуба имају задатак да обележе прави центар цркве, док прва два слободна стуба припадају припрати која није ничим одељена од главне цркве, него чини са главном црквом једну јединицу. Изгледа да су главни мајстори отишли пре завршетка рада, те да је неко други завршио припрате не познавајући главна начела старе српске архитектуре. Услед невештог извођења припрате био је оштећен целокупни утисак цркве која је требала да буде много краћа. Да је дошло до извесног поремећаја у извођењу плана показује и то што је спољашњост источне фасаде извршена сасвим у духу првог плана док је спољашњост западне стране далеко заостала за источном. Конструктивно црква није изведена беспрекорно. Али декорацијом и сразмерама, она оставља уистину изванредан утисак.
Најзначајнија црта ове цркве је строга једноставност. Линије спољашње архитектуре су строге без икакве пренатрпаности. Црква има три апсиде које су споља шестостране али изнутра полукружне. Исто тако су певнице изнутра полукружне, а споља петостране. Над средњим бродом дижу се два кубета која су сасвим једнака, изнутра кружна а споља осмострана, излазе право из крова.
Ако упоредимо Ковиљ са Манасијом и Раваницом, морамо доћи до закључка да је спољашњост Ковиља монументалнија, зидови теже у висину, има у томе готске црте, док код узора ковиљске архитектуре, Манасије и Раванице, распоред зидова иде много више у ширину. Изгледа да је ту победила одлика српских неимара, која тражи да неимар не иде по старим стазама, него да подари свакој згради нешто ново, нешто индивидуално. Српски дух спаја у Ковиљу елементе готике, барока па и извесне црте ренесансе са Јадрана .
Унутрашње површине зидова манастира нису живописане, на њима нема старих фресака, али је ту прекрасан иконостас академског сликара Аксентија Мародића, рађен у осмој деценији 19. века (Слика 9). Иконостас је богато украшен дуборезом и сценама из Христовог живота, као и сјајним копијама, које је Мародић копирао у славним галеријама по Италији, међу којима се истиче ''Сикстинска мадона са Светим Сикстом'', затим ''Тајна вечера'' са Леонардове зидне слике из трпезарије Свете Марије у Милану. Hовосадски мајстор Лудвиг Тауш је иконостас позлатио и мраморирао 1892. године.
У манастиру се поред прекрасног иконостаса налазе иконе, које су радили различити мајстори XVIII и XIX века. Од значајних личности које су потекле из манастира посебно треба издвојити Јована Рајића (1726-1801), који се сматра оцем српске историје. Његово дело о историји Срба, Хрвата и Бугара стварано је у ковиљском манастиру, у којем се данас налази гроб ове истакнуте личности. Овде је своју монашку каријеру започео игуман Рафаило Момчиловић, академски сликар, који је на најсвирепији начин убијен 1941. године. Српска православна црква прогласила је 2000. године, игумана Рафаила Момчиловића великомучником и свецем, обележивши у православном календару његовим именом 3. септембар.
У комплексу данашњег манастира чувају се сликарски радови Уроша Предића и бројне уметничке слике других уметника, затим богата манастирска библиотека, као и меморијални музеј Јована Рајића. Током Другог светског рата манастир је опљачкан од стране Мађара, а неки предмети се и данас налазе у будимпештанским музејима. После Другог светског рата наступа тежак период за монахе, јер је комунистичка репресија на све могуће начине онемогућавала нормално одвијање манастирског живота. Манастиру је аграрном реформом одузета скоро сва земља и привилегије које је иMао и за време турске, као и за време аустро-угарске власти.
Од 1990. године за манастир наступају бољи дани. Иринеј Буловић позива монахе да удахну живот манастиру. Отац Порфирије постаје игуман и формира се братство које данас броји око 20 монаха. Више се ради на очувању манастира, реконструишу се и граде конаци и додатни објекти у оквиру којих ће бити могућ и прихват туриста који посећују манастир. Калуђери, сем што су посвећени свом духовном животу, имају и низ свакодневних активности. Пре свега познати су по манастирској ракији, коју сами справљају од воћа из манастирских воћњака.
У близини манастира налази се капела посвећена Светој Петки или „водица“, како је још зову (слика 11). То је још једна атрактивност за потенцијалне туристе, због своје сликовитости и јединстваности, као и својеврсни симбол села. Предање каже да је нека жена уснула сан у коме јој би речено да оде на извор лековите воде у близини ковиљског светоархангелског манастира да нађе лека, јер је дуго боловала од неизлечиве болести. Тако и би. Жена задоби исцељење и у знак захвалности даде да се сагради капела Светој Петки, јер све ово се и догодило уочи празника Свете Петке 27. Октобра (Ђорђевић, 1891).
На врху старог храста на који се ослања капела Свете Петке, а за који је процењено да има преко 600 година, налази се родино гнездо, птице која је симбол рађања новога живота, а због бројности популације која се гнезди у селу, може се сматрати и симболом Ковиља.
